Genetic polymorphism of the red white belted breed pigs based on microsatellite markers

UDC 636.4.082.25:575.22

S. Lugovoy, PhD (Agr.), Ass. Professor
S. Kramarenko, DSc (Biol.), Ass. Professor
S. Galimov, PhD (Agr.), Ass. Professor
Mykolayiv National Agrarian University

The aim of this study was to analyze the genetic variability and population structure of the Red White Belted breed pigs. Twelve microsatellite loci were selected and belong to the list of microsatellite markers recommended by FAO/ISAG. The number of observed alleles (Na) detected ranged from 4 to 8, with an overall mean of 6.67 and a total of 80 alleles were observed at these loci. The overall means for observed (Ho) and expected (He) heterozygosities were 0.649 and 0.693, respectively. The population effective size (Ne) estimate based on LD-method is 59.2 (95% CI: 36-129) individuals. This population has not undergone any recent and/or sudden reduction in the effective population size and remained at mutation-drift equilibrium.

Key words: genetic polymorphism, microsatellite loci, pigs, the Red White Belted breed.

Genetic polymorphism of the red white belted breed pigs based on microsatellite markers. (текст статті)

Genetic polymorphism of the red white belted breed pigs based on microsatellite markers. (анотація)

Referenсes:
1. Genofond natsionalnykh porod sviney Ukrainy, ikh sozdateli i sovremennye koordinatory / [V. P. Rybalko, A. A. Getya, V. I. Gerasimov i dr.] // Poltava, Poltavskiy lіterator, 2011. – 156 s.
2. Bankovska I. Carcass, meat and fat quality characteristics of Ukrainian red white belted pigs compared to other commercial breeds // I. Bankovska, J. Sales // Slovak Journal of Animal Science. – 2015. – V. 48(1). – P. 23-28.
3. Peakall R. O. D. GENAIEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research // R. O. D. Peakall, P. E. Smouse // Molecular Ecology Notes. – 2006. – V. 691. – P. 288-295.
4. Rousset F. GENEPOP’007: a complete re-implementation of the GENEPOP software for Windows and Linux / F. Rousset // Molecular Ecology Resources. – 2008. – V. 8. – P. 103-106.
5. Cornuet J. M. Description and power analysis of two tests for detecting recent population bottlenecks from allele frequency data / J. M. Cornuet, G. Luikart // Genetics. – 1996. – V. 144. – P. 2001-2014.
6. NeEstimator v2: re-implementation of software for the estimation of contemporary effective population size (Ne) from genetic data // [C. Do, R. S. Waples, D. Peel et al.] // Molecular Ecology Resources. – 2013. – V. 14. – P. 209–214.
7. Meuwissen T. H. E. Effective sizes of livestock populations to prevent a decline in fitness / T. H. E. Meuwissen, J. A. Woolliam // Theoretical and Applied Genetics. – 1994. – V. 89. – P. 1019-1026.
8. Genetic diversity of Brazilian pig breeds evidenced by microsatellite markers / B. P. Sollero, S. R. Paiva, D. A. Faria [et. al.] // Livest. Sci. – 2008. – doi:10.1016/j.livsci.2008.09.025.
9. Genetic variation and relationships of eighteen Chinese indigenous pig breeds / S. Yang, Z. Wang, B. Liu [et. al.] // Genetic Selection Evolution. – 2003. – Vol. 35. -P. 657-671.
10. Genetic diversity of some Ghanaian pigs based on microsatellite markers / R. A Ayizanga, B. B. Kayang, K. Adomako // Livestock Research for Rural Development. – 2016. – Vol. 28.
11. Zaman G. Molecular characterization of Meghalaya local pigs (Niang Megha) using microsatellite markers / G. Zaman, M. C. Shekar, A. Aziz // Indian Journal of Science and Technology. – 2013. – Vol. 6. – P. 5302-5306.
12. Molecular characterization of Ghungroo pig / G. Zaman, M. Chandra Shekar, A. M. Ferdoci [et. al.] // International Journal of Animal Biotechnology. – 2013. – Vol. 3. – P. 1-4.
13. Molecular characterization of Doom pigs using microsatellite markers / G. Zaman, S. Laskar, A. M. Ferdoci [et. al.] // African Journal of Biotechnology. – 2014. – Vol. 13 (30). – P. 3017-3022.
14. Genetic diversity in native and commercial breeds of pigs in Portugal assessed by microsatellites / [A. A. Vicente, M. I. Carolino, M. C. O. Sousa et al.] // Journal of Animal Science. – 2008. – V. 86. – P. 2496-2507.
15. Pedigree and population viability analyses of a conservation herd of Moura pig / [H. Carneiro, S. R. Paiva, M. Ledur et al.] // Animal Genetic Resources. – 2014. V. 54. – P. 127-134.
16. Pedigree analysis of Cinta Senese and Mora Romagnola breeds / [A. Crovetti, F. Sirtori, C. Pugliese et al.] // Acta agriculturae Slovenica. – 2013. – V. 4. – P. 41-44.
17. Conservation genomic analysis of domestic and wild pig populations from the Iberian Peninsula / [J. M. Herrero-Medrano, H. J. Megens, M. A. Groenen et al.] // BMC genetics. – 2013. – V. 14 (106). – P. 1-13.

С. І. Луговий, С. С. Крамаренко, С. М. Галімов. Генетичний поліморфізм свиней червоної білопоясої породи на підставі мікросателітних маркерів.

Метою даного дослідження був аналіз генетичної мінливості та структури популяції свиней червоної білопоясої породи. Були відібрані дванадцять мікросателітних локусів (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, S0101, SW936 SW911 і S0228), які включено до списку маркерів, рекомендованих ФАО/ISAG. У кожному локусі кількість алелів (Na) варіювала від 4 до 8 при загальному середньому значенні 6,67; загалом було виявлено 80 алелів. Середні значення фактичної (Ho) та очікуваної (He) гетерозиготності становили 0,649 і 0,693, відповідно. Оцінка ефективної чисельності популяції (Ne), розрахована за LD-методом, склала 59,2 особин (95% ДІ: 36-129). Ця популяція не зазнала будь-яких недавніх і/або раптових скорочень ефективної чисельності і перебуває в стані рівноваги між мутаційним процесом і дрейфом генів.

С. И. Луговой, С. С. Крамаренко, С. Н. Галимов. Генетический полиморфизм свиней красной белопоясой породы на основании микросателлитных маркеров.

Целью данного исследования был анализ генетической изменчивости и структуры популяции свиней красной белопоясой породы. Были отобраны двенадцать микросателлитных, которые относятся к списку маркеров, рекомендованных ФАО/ISAG. В каждом локусе количество аллелей (Na) варьировало от 4 до 8 при общем среднем значении 6,67; в общей сложности было обнаружено 80 аллелей. Средние значения наблюдаемой (Ho) и ожидаемой (He) гетерозиготности составили 0,649 и 0,693, соответственно. Оценка эффективной численности популяции (Ne), рассчитанная по LD-методу, составила 59,2 особей (95% ДИ: 36-129). Данная популяция не претерпела каких-либо недавних и/или внезапных сокращений эффективной численности и пребывает в состоянии равновесия между мутационным процессом и дрейфом генов.

Випуск №1 (93), 2017

Використання лінійних моделей (BLUP) для оцінки племінної цінності корів за молочною продуктивністю

УДК 636.082/57.087

С. С. Крамаренко, доктор біологічних наук
О. І. Потриваєва, студентка
Миколаївський національний аграрний університет

У роботі наведено результати використання лінійних моделей (BLUP) з урахуванням різних фіксованих факторів та ко-варіюючих змінних для оцінювання племінної цінності (EBV) бугаїв-плідників за рівнем молочної продуктивності. Встановлено, що використання лінійних моделей дозволяє отримувати більш точніші оцінки племінної цінності у разі врахування низки корегуючих факторів (як якісних, так й кількісних). При цьому, отримані оцінки дуже чутливі до незбалансованості при використанні різних бугаїв-плідників у різні роки. Найбільш суттєвий вплив на розрахункові оцінки племінної цінності бугаїв-плідників мали жива маса корів у віці першої лактації та вік їх першого ефективного осіменіння – точність оцінки племінної цінності бугаїв-плідників в цьому випадку підвищується майже удвічі (з 18,3 до 32,6%).

Ключові слова: оцінки племінної цінності (EBV), лінійні моделі (BLUP), молочна продуктивність, велика рогата худоба.

Використання лінійних моделей (BLUP) для оцінки племінної цінності корів за молочною продуктивністю. (текст статті)

Estimation of the dairy cow’s breeding values using the linear models (BLUP). (анотація)

Список використаних джерел:
1. Кузнецов В. М. Основы научных исследований в животноводстве / В. М. Кузнецов – Киров : Зональный НИИСХ Северо-Востока, 2006. – 568 с.
2. Даншин В. А. Оценка генетической ценности животных / В. А. Даншин – К. : Аграрна наука, 2008. – 180 с.
3. Современные методы генетического контроля селекционных процессов и сертификация племенного материала в животноводстве / [Н. А. Зиновьева, П. М. Кленовицкий, Е. А. Гладырь и др.]. – М. : РУДН, 2008. – 329 с.
4. Кузнецов В. М. Методы племенной оценки животных с введением в теорию BLUP / В. М. Кузнецов. – Киров : Зональный НИИСХ Северо-Востока, 2003. – 358 с.
5. Крамаренко С. С. Нові методи математичного моделювання лактаційних кривих за допомогою інтерполяції / С. С. Крамаренко // В кн. : Матеріали міжнародної науково-практичної конференції «Новітні технології скотарства у ХХІ столітті» (Миколаїв, 4-6 вересня 2008 р.). – Миколаїв : МДАУ, 2008. – С. 159-164.
6. Халафян А. А. STATISTICA 6. Статистический анализ данных / А. А. Халифян. – М. : Бином-Пресс, 2007. – 512 с.

С. С. Крамаренко, А. И. Потриваева. Использование линейной модели (BLUP) для оценки племенной ценности коров по молочной продуктивности.

В работе приведены результаты использования линейных моделей (BLUP) с учетом различных фиксированных факторов и ко-варьирующих переменных для оценки племенной ценности (EBV) быков-производителей в отношении уровня молочной продуктивности. Установлено, что использование линейных моделей позволяет получать более точные оценки племенной ценности в случае учета ряда корректирующих факторов (как качественных, так и количественных). При этом, полученные оценки очень чувствительны к несбалансированности при использовании ранних быков-производителей в разные года. Наиболее существенное влияние на расчетные оценки племенной ценности быков-производителей имели живая масса коров в возрасте первой лактации и возраст их первого эффективного осеменения – точность оценки племенной ценности быков-производителей в этом случае повышается почти вдвое (с 18,3% до 32, 6%).

S. Kramarenko, O. Potryvaieva. Estimation of the dairy cow’s breeding values using the linear models (BLUP).

The results of using different linear models (BLUP), taking into account various fixed factors and covariance for the assess the breeding value (EBV) of bulls-manufacturers on the level of milk productivity are presented in paper. It was established that the using of linear models allows to obtaining more accurate estimates of breeding values in the case of recording a series of correcting factors (qualitative and quantitative). Besides, the received estimates are very sensitive to the imbalance in the using of sires in different years. The most significant effect on the estimates of breeding value of sires had weight of cows at the age of first lactation and age of the 1st effective insemination – in this case the accuracy of the estimation of breeding value of sires increases by almost in a half (from 18.3% to 32.6%).

Зміст випуску 2 (90), частина 2, 2016

Використання ентропійно-інформаційного аналізу для оцінки відтворювальних якостей помісних свиноматок

Номер, рік
1(82), 2015
УДК 636.4.082.001.573

Автор
В. Я. Лихач, кандидат сільськогосподарських наук
С. С. Крамаренко, доктор біологічних наук
П. О. Шебанін, аспірант
Миколаївський національний аграрний університет

У статті представлено результати оцінки відтворювальних якос-тей помісних свиноматок з використанням ентропійно-інформаційно-го аналізу (ЕІА). Для проведення ЕІА з використанням модифікації для кількісних ознак були використані дані про вікову динаміку (сім опоросів) відтворювальних якостей двопородних свиноматок: велика біла (ВБ) і українська м’ясна (УМ) у поєднанні з кнурами породи лан-драс (Л). Доведено, що на ступінь детермінованості відтворювальних якостей, у тому числі і у віковій динаміці, впливає породність сви-номаток. Встановлено, що найвищим рівнем впорядкованості характеризується кількість поросят при відлученні. Тому даний показник доцільно використовувати в якості основного при оцінці відтворю-вальних якостей свиноматок.

Ключові слова
вікова динаміка, помісні свиноматки, ентропійно-інформаційний аналіз, відтворювальні якості. (more…)