Genetic polymorphism of the red white belted breed pigs based on microsatellite markers

UDC 636.4.082.25:575.22

S. Lugovoy, PhD (Agr.), Ass. Professor
S. Kramarenko, DSc (Biol.), Ass. Professor
S. Galimov, PhD (Agr.), Ass. Professor
Mykolayiv National Agrarian University

The aim of this study was to analyze the genetic variability and population structure of the Red White Belted breed pigs. Twelve microsatellite loci were selected and belong to the list of microsatellite markers recommended by FAO/ISAG. The number of observed alleles (Na) detected ranged from 4 to 8, with an overall mean of 6.67 and a total of 80 alleles were observed at these loci. The overall means for observed (Ho) and expected (He) heterozygosities were 0.649 and 0.693, respectively. The population effective size (Ne) estimate based on LD-method is 59.2 (95% CI: 36-129) individuals. This population has not undergone any recent and/or sudden reduction in the effective population size and remained at mutation-drift equilibrium.

Key words: genetic polymorphism, microsatellite loci, pigs, the Red White Belted breed.

Genetic polymorphism of the red white belted breed pigs based on microsatellite markers. (текст статті)

Genetic polymorphism of the red white belted breed pigs based on microsatellite markers. (анотація)

Referenсes:
1. Genofond natsionalnykh porod sviney Ukrainy, ikh sozdateli i sovremennye koordinatory / [V. P. Rybalko, A. A. Getya, V. I. Gerasimov i dr.] // Poltava, Poltavskiy lіterator, 2011. – 156 s.
2. Bankovska I. Carcass, meat and fat quality characteristics of Ukrainian red white belted pigs compared to other commercial breeds // I. Bankovska, J. Sales // Slovak Journal of Animal Science. – 2015. – V. 48(1). – P. 23-28.
3. Peakall R. O. D. GENAIEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research // R. O. D. Peakall, P. E. Smouse // Molecular Ecology Notes. – 2006. – V. 691. – P. 288-295.
4. Rousset F. GENEPOP’007: a complete re-implementation of the GENEPOP software for Windows and Linux / F. Rousset // Molecular Ecology Resources. – 2008. – V. 8. – P. 103-106.
5. Cornuet J. M. Description and power analysis of two tests for detecting recent population bottlenecks from allele frequency data / J. M. Cornuet, G. Luikart // Genetics. – 1996. – V. 144. – P. 2001-2014.
6. NeEstimator v2: re-implementation of software for the estimation of contemporary effective population size (Ne) from genetic data // [C. Do, R. S. Waples, D. Peel et al.] // Molecular Ecology Resources. – 2013. – V. 14. – P. 209–214.
7. Meuwissen T. H. E. Effective sizes of livestock populations to prevent a decline in fitness / T. H. E. Meuwissen, J. A. Woolliam // Theoretical and Applied Genetics. – 1994. – V. 89. – P. 1019-1026.
8. Genetic diversity of Brazilian pig breeds evidenced by microsatellite markers / B. P. Sollero, S. R. Paiva, D. A. Faria [et. al.] // Livest. Sci. – 2008. – doi:10.1016/j.livsci.2008.09.025.
9. Genetic variation and relationships of eighteen Chinese indigenous pig breeds / S. Yang, Z. Wang, B. Liu [et. al.] // Genetic Selection Evolution. – 2003. – Vol. 35. -P. 657-671.
10. Genetic diversity of some Ghanaian pigs based on microsatellite markers / R. A Ayizanga, B. B. Kayang, K. Adomako // Livestock Research for Rural Development. – 2016. – Vol. 28.
11. Zaman G. Molecular characterization of Meghalaya local pigs (Niang Megha) using microsatellite markers / G. Zaman, M. C. Shekar, A. Aziz // Indian Journal of Science and Technology. – 2013. – Vol. 6. – P. 5302-5306.
12. Molecular characterization of Ghungroo pig / G. Zaman, M. Chandra Shekar, A. M. Ferdoci [et. al.] // International Journal of Animal Biotechnology. – 2013. – Vol. 3. – P. 1-4.
13. Molecular characterization of Doom pigs using microsatellite markers / G. Zaman, S. Laskar, A. M. Ferdoci [et. al.] // African Journal of Biotechnology. – 2014. – Vol. 13 (30). – P. 3017-3022.
14. Genetic diversity in native and commercial breeds of pigs in Portugal assessed by microsatellites / [A. A. Vicente, M. I. Carolino, M. C. O. Sousa et al.] // Journal of Animal Science. – 2008. – V. 86. – P. 2496-2507.
15. Pedigree and population viability analyses of a conservation herd of Moura pig / [H. Carneiro, S. R. Paiva, M. Ledur et al.] // Animal Genetic Resources. – 2014. V. 54. – P. 127-134.
16. Pedigree analysis of Cinta Senese and Mora Romagnola breeds / [A. Crovetti, F. Sirtori, C. Pugliese et al.] // Acta agriculturae Slovenica. – 2013. – V. 4. – P. 41-44.
17. Conservation genomic analysis of domestic and wild pig populations from the Iberian Peninsula / [J. M. Herrero-Medrano, H. J. Megens, M. A. Groenen et al.] // BMC genetics. – 2013. – V. 14 (106). – P. 1-13.

С. І. Луговий, С. С. Крамаренко, С. М. Галімов. Генетичний поліморфізм свиней червоної білопоясої породи на підставі мікросателітних маркерів.

Метою даного дослідження був аналіз генетичної мінливості та структури популяції свиней червоної білопоясої породи. Були відібрані дванадцять мікросателітних локусів (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, S0101, SW936 SW911 і S0228), які включено до списку маркерів, рекомендованих ФАО/ISAG. У кожному локусі кількість алелів (Na) варіювала від 4 до 8 при загальному середньому значенні 6,67; загалом було виявлено 80 алелів. Середні значення фактичної (Ho) та очікуваної (He) гетерозиготності становили 0,649 і 0,693, відповідно. Оцінка ефективної чисельності популяції (Ne), розрахована за LD-методом, склала 59,2 особин (95% ДІ: 36-129). Ця популяція не зазнала будь-яких недавніх і/або раптових скорочень ефективної чисельності і перебуває в стані рівноваги між мутаційним процесом і дрейфом генів.

С. И. Луговой, С. С. Крамаренко, С. Н. Галимов. Генетический полиморфизм свиней красной белопоясой породы на основании микросателлитных маркеров.

Целью данного исследования был анализ генетической изменчивости и структуры популяции свиней красной белопоясой породы. Были отобраны двенадцать микросателлитных, которые относятся к списку маркеров, рекомендованных ФАО/ISAG. В каждом локусе количество аллелей (Na) варьировало от 4 до 8 при общем среднем значении 6,67; в общей сложности было обнаружено 80 аллелей. Средние значения наблюдаемой (Ho) и ожидаемой (He) гетерозиготности составили 0,649 и 0,693, соответственно. Оценка эффективной численности популяции (Ne), рассчитанная по LD-методу, составила 59,2 особей (95% ДИ: 36-129). Данная популяция не претерпела каких-либо недавних и/или внезапных сокращений эффективной численности и пребывает в состоянии равновесия между мутационным процессом и дрейфом генов.

Випуск №1 (93), 2017

Оцінка генетичної структури різних родин свиней породи дюрок за локусами мікросателітів ДНК

УДК 636.082

С. І. Луговий, кандидат сільськогосподарських наук, доцент
С. В. Кіш, аспірант
Науковий керівник – кандидат сільськогосподарських наук, доцент В. Я. Лихач
Миколаївський національний аграрний університет

У статті наведено результати оцінки генетичної структури різних родин свиней породи дюрок на основі поліморфізму локусів мікросателітів ДНК. Встановлено, що різні родини характеризуються певною специфічністю алельних профілів, яка може бути використана при подальшій поглибленій племінній роботі, а також для генетичної ідентифікації та підтвердження походження тварин.

Ключові слова: мікросателіт, поліморфізм, локус, алель, порода дюрок, родина.

С. І. Луговий, С. В. Кіш. Оцінка генетичної структури різних родин свиней породи дюрок за локусами мікросателітів ДНК.

Список використаних джерел:
1. Ли Ч. Введение в популяционную генетику / Ч. Ли. – М. : Наука, 1978. — 356 с.
2. Лихач В. Я. Продуктивні якості свиней внутрішньопорідного типу породи дюрок української селекції “Степовий” / В. Я. Лихач, О. М. Романова // Технологія виробництва і переробки продукції тваринництва : зб. наук. праць Білоцерк. держ. аграр. ун-т. – Біла Церква, 2010. – Вип. 3 (72). – С. 21-22.
3. Луговий С. І. Оцінка внутрішньопородної мінливості свиней породи дюрок за локусами мікросателітів ДНК / С. І. Луговий // Вісник Житомирського національного агроекологічного університету. – 2013. – Вип. № 1. (35), Т. 2 – С. 105-113.
4. Луговой С. И. Характеристика генофонда мясных пород свиней украинского происхождения по локусам микросателлитов ДНК / С. И. Луговой // Вестник Казанского ГАУ. – Казань, 2013. – № 2 (28). – С. 126-129.
5. Методические рекомендации по использованию метода полимеразной цепной реакции в животноводстве / [Н. А. Зиновьева, А. Н. Попов, Л. К. Эрнст и др.]. — Дубровицы : ВИЖ, 1998, – 47 с.
6. Топіха В. С. Нове селекційне досягнення в Україні – Внутрішньопородній тип свиней породи дюрок “Степовой” / В. С. Топіха, А. А. Волков // Зб. наук. праць Харківської державної зооветеринарної академії : Сільськогосподарські науки. – Х. : РВВ ХДЗВА, 2007. – Вип. 15(40). – Ч. 1. – С. 25-30.
7. Топіха В. С. Результати племінної роботи з внутрішньопорідним типом свиней породи дюрок української селекції “Степовий” в умовах ПАТ “Племзавод “Степной” Запорізької області / В. С. Топіха, В. Я. Лихач, С. В. Кіш // Вісник аграрної науки Причорномор’я. – Миколаїв : МНАУ, 2014. – Вип. 3, Т (2). – С. 158-167.
8. Kawasaki E. S. Sample preparation from blood, cells and other fluids. In PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications / Edited by M. A. Innis, D. H. Gelfand, J. J. Sninsky, T. J. White. – San Diego : Academic Press, 1990. – P. 146-152.
9. Nei M. Genetic distance between populations / M. Nei // American Naturalist. — 1972. – №106 (949). – Р. 283-292.
10. Nidup K. Genetic diversity of domestic pigs as revealed by microsatellites: a mini review / K. Nidup, C. Moran // Genomics and Quantitative Genetics. – 2011. – Vol. 2. – Р. 5-18.
11. Peakall R. GenAIEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research – an update / R. Peakall, P. E. Smouse // Bioinformatics. – 2012. – V. 28. – P. 2537-2539.

С. И. Луговой, С. В. Киш. Оценка генетической структуры различных семейств свиней породы дюрок по локусам микросателлитов ДНК.

В статье приведены результаты оценки генетической структуры различных семейств свиней породы дюрок на основе полиморфизма локусов микросателлитов ДНК. Установлено, что разные семейства характеризуются определенной специфичностью аллельных профилей, которая может быть использована при дальнейшей углубленной племенной работе, а также для генетической идентификации и подтверждения происхождения животных.

S. Lugovoi, S. Kish. Assessment of the genetic structure of different families of Duroc pigs at loci of microsatellites.

The article presents the results of the assessment of the genetic structure of different families of Duroc pigs on microsatellite DNA polymorphism loci. It is established that different families are characterized by a certain specificity of allelic profiles that can be used for further in-depth breeding, and genetic identification and confirmation of animal origin.

Технологія виробництва свинини вумовах тов «Таврійські свині»

УДК 636.4.082

В. С. Топіха, доктор сільськогосподарських наук, професор
В. Я. Лихач, кандидат сільськогосподарських наук, доцент
С. І. Луговий, кандидат сільськогосподарських наук, доцент
Миколаївський національний аграрний університет
О. І. Загайкан, директор ТОВ «Таврійські свині»
П. О. Шебанін, аспірант

Миколаївський національний аграрний університет, Україна Наведено продуктивні якості свиней української м’ясної породи (асканійського типу) та великої білої породи зарубіжної селекції в умовах ТОВ «Таврійські свині» Скадовського району Херсонської області. Впровадження інтенсивних елементів технології дало можливість отримати високі результати
продуктивності тварин. Встановлено, що в племінному заводі ТОВ «Таврійські свині» розводять та вирощують такі породи свиней, які є не перевершеними за відтворювальними, відгодівельними та м’ясними якостями в умовах України. Галузь свинарства у господарстві стала рентабельною та конкурентоспроможною серед господарств області та країни.

Ключові слова
технологія, свині, порода, продуктивні якості, бонітування. (more…)

Аналіз результатів використання селекційних (оціночних) індексів як критеріїв відбору племінних свиноматок

Аналіз результатів використання селекційних (оціночних) індексів як критеріїв відбору племінних свиноматок.
Номер, рік
3(80), том 2, 2014
УДК 631:15:658

Автор
А. А. Рукавиця, аспірант
С. І. Луговий, кандидат сільськогосподарських наук, доцент
Миколаївський національний аграрний університет

Анотація
У статті наведено результати оцінки відтворювальних якостей свиноматок двох послідовних поколінь за умови їх відбору на підставі оцінки за індексами КПВЯ та СІВЯС. Доведено, що селекція на основі показників даних індексів не забезпечує в повній мірі відбір найкращих за генотипом тварин, а отже, і не зумовлює передачу нащадкам потенціалу високої продуктивності.

Ключові слова
свиноматка, відтворювальні якості, індекс КПВЯ, індекс СІВЯС. (more…)